據《中國學術期刊(光盤版)》電子雜志社、中國科學文獻計量評價研究中心和清華大學圖書館2012年12月聯合發布的2012年《中國學術期刊影響因子年報（自然科學與工程技術）》（中國知網“同方”數據庫）報道，《上海海事大學學報》復合影響因子為0.959，在137種交通運輸工程類期刊中排名第13，繼續居航海類期刊第一，較2011年版的第22名有大幅度提升。