日前，教育部發布《教育部辦公廳關于公布卓越工程師教育培養計劃第三批學科專業名單的通知》（教高廳函〔2013〕38號），上海海事大學機械設計制造及其自動化、能源與動力工程、計算機科學與技術、輪機工程4個本科專業位列其中。本次入選的上海地區高校有上海交通大學、同濟大學、上海理工大學、上海海事大學、東華大學、上海電力學院、上海應用技術學院、上海大學、上海工程技術大學、上海電機學院等10所高校，我校入選專業數排名第二，排名第一為上海交通大學，該校入選7個專業。

2011年9月，我校被教育部列入第二批“卓越工程師教育培養計劃”實施高校名單（教高函[2011]17號）。10月，學校決定在航海技術、輪機工程、熱能與動力工程、工業工程、船舶與海洋工程5個本科專業試點實施卓越計劃。2012年2月，經教育部批準，航海技術、船舶與海洋工程2個本科專業進入教育部卓越計劃第二批試點專業（教高廳函[2012]7號）。