據中國科學技術信息研究所和北京萬方數據股份有限公司2012年9月聯合發布的2012年版《中國期刊引證報告（擴刊版）》（簡稱“萬方”數據庫）報道，2011年中國期刊被引指標交通運輸工程類期刊中，《上海海事大學學報》擴展影響因子由2010年的0.440提升為0.599， 首次居航海類期刊第一。

其他航海類期刊中，《中國航?！窋U展影響因子為0.467,《重慶交通大學學報》擴展影響因子為0.432，《武漢理工大學學報（交通科學與工程版）》擴展影響因子為0.374，《大連海事大學學報》擴展影響因子為0.312，《航海技術》擴展影響因子為0.154。上述各期刊2010年的擴展影響因子依次為0.465，0.664，0.477，0.600，0.256。 “萬方”數據庫的核心版影響因子將在年底發布。

2011年底，據《中國學術期刊（光盤版）》電子雜志社、中國科學文獻計量評價研究中心、清華大學圖書館聯合發布的《中國學術期刊影響因子年報（自然科學與工程技術） 》（中國知網“同方”數據庫）2011年版報道，《上海海事大學學報》影響因子在交通運輸學科期刊中已居航海類期刊第一。

“萬方”數據庫和“同方”數據庫是我國科技期刊界最有影響力的兩個期刊評價數據庫。