2013年10月, 由上海海事大學、上海市交通委、上海自貿區管委會、上海市教委等單位共建的中國（上海）自貿區供應鏈研究院宣告成立。兩年來，研究院依托優勢，發揮特色，在協同創新，服務行業，構建具有國際影響的新型高校智庫平臺上取得了進展。

研究院現有45家境內外合作單位，包括政府部門、大型企業、國內高校、行業協會、國際研究機構等。研究院指導委員會由33名成員組成，專家委員會與上海國際航運中心專家委員會共用專家，由38名境內外專家組成。研究院已建立起一支由專兼職人員組成的研究咨詢隊伍，以及由政府、企業、高校和境外專家組成的咨詢專家庫。

依托三大優勢，構建智庫平臺。研究院擁有獨特的區位優勢、行業優勢和學科優勢，是與自貿區建設學科和區域關聯度最高的研究機構之一，行業引領作用得到政府、學界和業界認同，在國內物流學科體系最完備、研究基地最齊全。近兩年來，研究院開展了48項課題研究，委托單位包括各地政府、大型企業、國內高校、國際機構等。決策咨詢涉及戰略規劃、制度創新、政策評估、企業轉型、社會化采信等領域，在促進供應鏈與產業鏈一體化發展同時，推動政府職能轉變。研究院初步構建起自貿區、供應鏈、物流 、港航等領域經費數量、項目份量、咨詢質量全國領先的智庫型平臺，服務政府、行業和企業的重大需求。

依托協同創新，提供社會服務。研究院依托“物流工程與管理”上海市高峰學科、多個省部級研究基地和校內機構，開展了深入的校內外協同研究。目前，研究院下設5個校內研究所和3個國際合作研究中心，與上海出入境檢驗檢疫局共建中國（上海）自貿試驗區檢驗檢疫政策研究所，與大連港集團共建中國（上海）自貿區供應鏈大連研究院，與天津物產集團共建天津物產研究院，設立由全國4個自貿區7個國檢局成立的中國自貿區檢驗檢疫制度創新合作聯動機制領導小組辦公室，正在外地籌建另2個聯合研究院，社會影響力不斷提高。研究院與中國質量認證中心華東實驗室共建電磁兼容試驗室，與上海出入境檢驗檢疫局、上海進口食品協會等多家單位聯建跨境電子商務風險監測平臺、進口食品標簽中介服務平臺等第三方采信平臺。在提供社會化、市場化服務的同時，學校也將成為國內首家提供自貿區檢驗、認證等領域第三方采信服務的高校。

依托港航特色，拓展研究領域。隨著我國自貿區、“一帶一路”、長江經濟帶、上海國際航運中心、上海科創中心等建設不斷深化，研究院逐步由港航物流向集“水鐵空公”于一體的綜合物流領域拓展，由供應鏈“四流合一”向供應鏈與產業鏈一體化方向延伸。通過開展國際船舶登記制度、自貿區航空中轉集拼政策、自貿區創新制度第三方評估等研究，為自貿區的制度創新提供依據；通過開展天物集團、中海、中外運、大連港集團、寧波港集團等企業轉型方案與實施策略研究，為大型國有企業配合自貿區建設、主動對接自貿區戰略以及進一步改革創新提供支持；通過開展上海市“十三五”現代物流業發展規劃、舟山江海聯運服務中心建設方案、中國鐵路總公司應對自貿區政策等研究，為研究院的研究領域拓展提供支撐。

研究院力爭在未來三年內建成跨境、跨界、跨科學、跨平臺、跨團隊的研究機構，成為自貿區和供應鏈領域的國際化研究平臺、協同化合作基地、高端人才集聚區、創新制度試驗區，成為相關領域支持政府決策、引領行業發展、支撐企業轉型和具有國際影響的新型高校智庫。