2000年，國家作出明確指示，重點建設(shè)上海國際航運中心，上海市政府也在“以港興市”的戰(zhàn)略指導(dǎo)下緊鑼密鼓地加快了大小洋山深水港和海港新城的建設(shè)。2003年12月，上海市人民政府同意上海海運學(xué)院搬遷，學(xué)校成立了新校建設(shè)領(lǐng)導(dǎo)小組。2004年5月，上海海運學(xué)院更名為上海海事大學(xué)，同年11月19日，學(xué)校舉行新校奠基暨動工儀式。2007年，臨港校區(qū)基本建成，2007級新生順利入駐。2008年10月18日，學(xué)校隆重舉行新校落成慶典。

新校區(qū)建設(shè)十年來，學(xué)校辦學(xué)條件大幅改善，綜合實力明顯增強，已經(jīng)成長為一所以航運、物流、海洋為特色，具有工學(xué)、管理學(xué)、經(jīng)濟學(xué)、法學(xué)、文學(xué)和理學(xué)等學(xué)科門類的多科性大學(xué)，向全國港航企事業(yè)單位及政府部門輸送了大量畢業(yè)生，為上海航運中心建設(shè)和航運強國、海洋強國戰(zhàn)略作出了積極貢獻。

臨港校區(qū)占地2000畝，總建筑面積60萬平方米，綜合容積率0.45，建筑密度11.9%，綠化率52%，水域面積81026平方米。新校建設(shè)秉承“海納百川，百軻爭流”“體現(xiàn)海洋特色和校園文化的特色”“因地制宜，簡潔大方，注重投資控制”的指導(dǎo)思想；總體設(shè)計采用“軸線+院落”式布局體系——按軸線，形成東西、南北向的對稱性院落式布局體系，建筑內(nèi)部與建筑之間創(chuàng)造封閉或半封閉的空間；功能分區(qū)明確，校前區(qū)、二級學(xué)院區(qū)、廣場區(qū)、教學(xué)區(qū)、生活區(qū)、環(huán)湖生態(tài)景觀區(qū)、文化活動區(qū)、體育中心區(qū)、配套功能輔助區(qū)等區(qū)域既相對獨立又相互聯(lián)系；校內(nèi)建筑注重統(tǒng)一性與多樣式的平衡和單體間基本特點，力求體現(xiàn)每一幢建筑的識別性，并根據(jù)自身特點，讓師生產(chǎn)生歸屬感與親切感。

學(xué)校在臨港校區(qū)建設(shè)過程中，始終關(guān)注“海洋、生態(tài)、人文、精神”四個主題，依靠景觀設(shè)計創(chuàng)造自然地、充滿人文氣息和交流氣氛的大學(xué)校園，實現(xiàn)了景觀環(huán)境與建筑規(guī)劃有機結(jié)合、自然景觀與人文景觀有機結(jié)合。校區(qū)內(nèi)的圖文信息中心榮獲中國建筑工程魯班獎和上海建筑工程質(zhì)量獎“白玉蘭”獎，大禮堂、體育中心、行政樓、科研樓、航海教學(xué)樓、物流工程學(xué)院、海洋科學(xué)與工程學(xué)院、信息工程學(xué)院等建筑榮獲“白玉蘭”獎。