黨政管理部門
| 1 | 黨委辦公室 |
| 2 | 紀委（監察專員辦公室）綜合辦公室 |
| 3 | 黨委組織部（老干部辦公室、黨校） |
| 4 | |
| 5 | 黨委宣傳部（校史館、新聞中心） |
| 6 | |
| 7 | |
| 8 | |
| 9 | 黨委學生工作部（研究生工作部、武裝部） |
| 10 | 黨委保衛工作部 |
| 11 | 工會 |
| 12 | |
| 13 | 團委 |
| 14 | |
| 15 | 保衛處 |
| 16 | 財務處 |
| 17 | 發展規劃與質量管理處 |
| 18 | 國際交流處（港澳臺辦公室） |
| 19 | 教務處 |
| 20 | 基建處 |
| 21 | 科技處（科技研究發展部） |
| 22 | 留學生管理辦公室 |
| 23 | 人事處 |
| 24 | 審計處 |
| 25 | 校長辦公室（信訪辦公室、法務辦公室、校友聯絡處、教育發展基金會辦公室、非學歷教育管理辦公室） |
| 26 | 學生處（招生辦公室、畢業生就業指導中心） |
| 27 | 信息化辦公室 |
| 28 | 研究生院（青島研究院） |
| 29 | 資產與實驗室管理處 |
| 30 | 采購與招投標管理中心 |
其他直屬機構
| 1 | 上海海大資產經營有限公司 ?? |
| 2 | 后勤中心 |
| 3 | 基礎實驗實訓中心 |
| 4 | 圖書館（檔案館） |
| 5 | 校醫院 |
教學部門
| 1 | 商船學院 |
| 2 | 交通運輸學院 |
| 3 | 經濟管理學院（亞洲郵輪學院、上海高級國際航運學院） |
| 4 | 物流工程學院（中荷機電工程學院） |
| 5 | 信息工程學院 |
| 6 | 外國語學院 |
| 7 | 理學院 |
| 8 | 海洋科學與工程學院 |
| 9 | 繼續教育學院 |
| 10 | 高等技術學院、上海港灣學校 |
| 11 | 法學院 |
| 12 | 徐悲鴻藝術學院 |
| 13 | 馬克思主義學院 |
| 14 | 體育教學部 |
| 15 | 國際教育學院 |
科研部門
| 1 | 物流科學與工程研究院（航運技術與控制工程交通行業重點實驗室、物流研究中心、 電氣自動化研究所、水運經濟研究所、海洋文化研究所、海運情報網） |
| 2 | 海洋材料科學與工程研究院 |
