明確辦學理念和特色。在大學章程的制定過程中，學校對辦學理念和特色、發展目標和戰略、治理結構、人才培養、科技創新和社會服務等重要內容進行了頂層設計，形成了“立足實際、聚焦特色、強化統籌，突破重點”的治理理念。制定學校事業發展“十三五”規劃、深化綜合改革方案等發展戰略，并逐項制定行動計劃表、落實責任部門、明確時間節點。

　　打造規章制度體系。以章程為核心，以專項制度為輔助，以實施細則為支撐，構建相對完備的三級現代大學制度體系，推動決策機制、民主管理、教授治學、校院實體化改革、財務資產、教育教學、學生管理等各項規章制度的建設工作，切實為學校內部治理結構改革提供制度保障，推動學校發展走向規范化制度化的軌道。

　　完善治理和建設體系。對質量管理體系同步實施“內審”和“外審”，通過開展各項制度的“廢、改、立”和合法性審查，推動制度體系的持續改進。建立校院兩級學術治理體系、成立法務辦公室、有機整合海洋工程學科、成立馬克思主義學院等。緊密對接國家和上海市重大戰略，依托學校航運、物流、海洋等特色學科，有效整合創新資源，分層次、分類型探索建立“政產學研用”協同創新平臺。